澳门博物馆的筹建工作于1995年4月正式开始运作，而博物馆工程亦于1996年9月动工，于1998年4月18日建成启用。建馆工程包括两部分：位于大炮台的博物馆展览大楼及位于北面山丘的博物馆行政大楼。

　　博物馆共分三层，其中首两层位于炮台地面之下，第三层侧在炮台上。总面积为2800平方米，实际展览面积约为2100平方米。

　　博物馆行政大楼虽然位于炮台外，但通过一条贯穿外墙，设有电动扶梯的隧道与博物馆展厅相连。行政大楼设有行政及技术人员办公室、博物馆藏品仓库、修复室、工场、电脑部，保安中心及演讲厅等等。

　　行政大楼总面积合共2300平方米，其中包括有为市民及游客而设的礼品店及露天茶座。
 
　　博物馆的展览专题内容，大致上分三大部份，分别在馆内三层展区展示。

　　澳门地区文明的原始 (第一层)：介绍本地区的起源，及新石器时期至17世纪中叶，澳门这个重要国际 (亚洲和欧洲) 贸易商港的情况，这个时期亦是澳门的黄金期。

　　澳门民间艺术与传统 (第二层)：展示通过当地文化衍生的不同题材，这为澳门的社会文化带来了丰富独特的一面，例如有：澳门的传统节庆、日常生活、传统手工艺及典型行业等。

　　澳门当代特色 (第三层)：主要介绍当代澳门的各方面；由本世纪初现时的长者亦可追溯回忆的时期起，至目前的各种社会状况。

　　此外，在炮台范围内，还有一个旧有的地下小室，是介绍大炮台历史的长期展览室；炮台于17纪初由耶稣会士兴建后，至1998年才被用作澳门博物馆的馆址。

　　澳门地区文明的原始
(第一层)：介绍本地区的起源，及新石器时期至17世纪中叶，澳门这个重要国际 (亚洲和欧洲) 贸易商港的情况，这个时期亦是澳门的黄金期。澳门民间艺术与传统

(第二层)：展示通过当地文化衍生的不同题材，这为澳门的社会文化带来了丰富独特的一面，例如有：澳门的传统节庆、日常生活、传统手工艺及典型行业等。
 
澳门当代特色 (第三层)：主要介绍当代澳门的各方面；由本世纪初现时的长者亦可追溯回忆的时期起，至目前的各种社会状况。 此外，在炮台范围内，还有一个旧有的地下小室，是介绍大炮台历史的长期展览室；炮台于17纪初由耶稣会士兴建后，至1998年才被用作澳门博物馆的馆址。